1943年 3月	男子フランシスコ会が,聖フランシスコ神学校を結核療養所とし浦上第一病院開設
1945年 8月 　　  11月	原子爆弾により壊滅 焼け跡に聖フランシスコ診療所が開かれる
1947年	木造建病舎(25床)を建設
1949年10月	聖フランシスコ第三会病院童貞会が男子フランシスコ会より移管され,聖フランシスコ病院を開設［診療科目：内科・呼吸器科,病床数75床]
1955年 1月	名称変更：聖フランシスコ療養所
1958年 6月 　　　 9月	診療科目変更：内科･呼吸器科･外科 病床数変更：95床
1960年 5月 　　　 7月	名称変更：聖フランシスコ病院 病床数変更：105床［結核病床95床，一般病床10床］
1964年 8月	病床数変更：128床［結核病床94床,一般病床34床］ 診療科目変更：  内科・外科・整形外科・胃腸科・呼吸器科・循環器科・放射線科
1968年10月	看護婦・女子寄宿舎竣工 宗教法人聖フランシスコ病院会として改組
1970年 2月 　　　 8月	新病院竣工 病床数変更：228床［結核病床80床,一般病床148床］
1980年 6月	結核病床廃止　病床数：228床［一般病床228床］
1984年10月	全身用CT装置導入
1986年 7月	長崎地域第二次救急病院群輪番制病院加入承認を受ける
1987年 9月	診療科目変更：  内科･外科･呼吸器科･循環器科･消化器科･整形外科･放射線科･呼吸器外科
1988年 4月	人工透析開始　病床数：270床
1989年 7月	リハビリテーション室設置
1994年 4月	泌尿器科開始
1996年 4月	フランシスコ訪問看護ステーション開設 救急病院告示認定
1997年12月	MRI装置導入
1998年 8月	ホスピス病棟開始　病床数：256床［一般病床256床(緩和ケア病床14床)］
1999年 5月 　　 　8月 　　   9月	診療録管理室設置 聖フランシスコ病院創立50周年記念式典 体外衝撃波結石破砕装置導入
2000年 4月	居宅介護支援事業所　フランシスコ ケアプランセンター開設
2001年 3月 　　　 4月	病床数変更：255床［一般病床255床(緩和ケア病床14床)］ 一部療養病床に変更　病床数：255床［一般病床205床(緩和ケア病床14床)，療養病床50床］
2003年 7月	病院機能評価認定(複合病院種別Ｂ：一般・長期療養,認定番号82号)
2003年 6月 　　  7月	診療科目追加：リハビリテーション科・心臓血管外科 医事業務外部委託開始 日本医療機能評価機構 病院機能評価認定  (複合病院種別B：一般・長期療養，認定番号82号)
2004年 1月 　　 　4月 　　  11月	地域連携室設置 病棟透析室5床増床　病床数変更：250床［一般病床200床，療養病床50床］ 緩和ケア病棟病床数変更：13床［一般病床200床(緩和ケア病床13床)，療養病床50床］ 女性専門外来診療開始
2005年 6月 　　  12月	マンモグラフィ検診施設画像認定 亜急性期病床施設基準承認：12床
2006年 1月 　　 　2月 　　 　5月 　　　12月	地域連携科設置(地域連携室・医療相談科合併) 入院オーダリングシステム開始 外来オーダリングシステム開始 栄養科調理部門外部委託開始
2007年 2月        9月	入院患者リストバンド導入 言語聴覚室設置 病床数変更：  247床［一般病床200床(緩和ケア病床13床,亜急性期病床12床),療養病床47床］
2008年 1月 　　　 7月	診療科目削除：心臓血管外科 日本医療機能評価機構 病院機能評価認定  (一般200床以上500床未満、認定番号MB82-2号)
2009年 4月 　　　 　　　 5月 　　　 7月	DPC対象病院 医療安全管理科設置　(6月「医療安全管理室」へ名称変更) 病棟再編成 病床数変更：220床［一般病床188床(緩和ケア病床22床,亜急性期病床12床),療養病床32床］ 医薬品SPD導入
2010年 5月	長崎地域医療連携ネットワークシステム「あじさいネット」情報提供施設
2011年 4月	県営バス院内乗り入れ開始

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